La influenza aviar es una infección viral grave que tiene el potencial de causar pandemias humanas. En particular, las gallinas son susceptibles a muchas cepas altamente patógenas del virus, lo que resulta en pérdidas significativas. En contraste, se ha informado que los patos exhiben respuestas inmunitarias innatas rápidas y efectivas a la mayoría de las infecciones por el virus de la influenza aviar (AIV). Para explorar los programas genéticos distintos que potencialmente distinguen la susceptibilidad/resistencia de ambas especies al AIV, es importante investigar los SNP coincidentes (coSNP) y sus diferentes efectos causales en las funciones génicas en ambas especies para obtener una nueva perspectiva sobre las variadas respuestas inmunitarias de las gallinas y los patos. Al realizar un alineamiento genómico por pares entre estas especies, identificamos coSNP y su respectivo efecto en los genes expresados diferencialmente relacionados con el AIV (DEGs) en este estudio. El examen de estos genes (por ejemplo, CD74, RUBCN y SHTN1 para gallinas y ABCA3, MAP2K6 y VIPR2 para patos) revela su alta relevancia para el AIV. Un análisis adicional de estos genes proporciona moléculas efectoras prometedoras (como IB, STAT1/STAT3, GSK-3 o p53) y vías de señalización clave relacionadas (como NF-B, JAK/STAT o Wnt) para elucidar los complejos mecanismos de las respuestas inmunitarias a las infecciones por AIV en gallinas y patos.