La encefalopatía espongiforme bovina (EEB) es una enfermedad fatal en el ganado causada por proteínas priónicas mal plegadas y vinculada a polimorfismos indel en el promotor y el intrón 1 del gen. El objetivo de este estudio fue determinar las frecuencias de alelos, genotipos y haplotipos de los polimorfismos indel e investigar el efecto de las expresiones génicas de indels de 23 bp y 12 bp a través de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en el Yak de Zhongdian (YK), el ganado amarillo de Zhongdian (YC) y el Yakow de Zhongdian (PK). Se encontraron altas frecuencias alélicas en 23- y 12+, mientras que las frecuencias de haplotipos fueron muy bajas en 23+/12 en YK, YC y PK. La expresión fue mayor en el diplotipo +-/-- del PK y (media +/- SE) fue 3.6578 +/- 1.85964. Además, se investigaron dos sitios variables: un polimorfismo indel de 23 bp que contiene el sitio de unión de AP1 y un polimorfismo indel de 12 bp que contiene el sitio de unión de SP1. Adicionalmente, los ensayos de genes reporteros revelaron un vínculo entre dos factores de transcripción propuestos y niveles de expresión más bajos del alelo +/+ en comparación con el alelo -/-. Se demostró que el nivel de expresión dependía de dos polimorfismos indel en el promotor bovino, que incluye sitios de unión para los factores de transcripción RP58 y SP1. Estos hallazgos plantearon la posibilidad de que el genotipo pueda contribuir a la alta variación en la expresión.