Los plátanos (Plantaginaceae) son un género cosmopolita que incluye más de 250 especies utilizadas como alimentos funcionales, forraje y medicina tradicional. Entre ellas, se utiliza comúnmente como ingrediente de productos herbales, pero la estrecha similitud con otras especies puede causar identificaciones erróneas con consecuencias potencialmente graves para la seguridad/calidad del producto. Para probar la posibilidad de desarrollar marcadores de código de barras específicos de especies, ensamblamos de novo secuencias de plastidios de individuos de varias especies. Estos genomas fueron caracterizados en comparación con accesiones conspecíficas secuenciadas previamente y otros plastidios disponibles públicamente, proporcionando así una evaluación de la variación genética tanto intraespecífica como interespecífica en los plastidios. Además, los análisis evolutivos moleculares indicaron que once genes codificadores de proteínas involucrados en diferentes funciones del plastidio en los plastidios sufrieron selección positiva, lo que sugiere que podrían haber contribuido a mejorar la adaptación de las especies durante la historia evolutiva. Si bien los puntos de mutación más variables en los plastidios no fueron adecuados para el desarrollo de marcadores moleculares específicos de especies, los polimorfismos específicos de especies podrían discriminar de sus parientes más cercanos. En conjunto, estos resultados destacan el potencial de la secuenciación de plastidios para el desarrollo de marcadores moleculares que mejoren la identificación de especies con relevancia en productos herbales.