La formación de yemas florales en el ciclo de vida del manzano está asociada con múltiples procesos biológicos. Para explorar los mecanismos fisiológicos y moleculares subyacentes a los cambios en proteínas y metabolitos en yemas con diferentes capacidades de floración, se analizaron yemas axilares sin floración (Ab), yemas de brote largo con una baja tasa de floración (Lb) y yemas de espolón con una tasa de floración más alta que la Lb (Sb) utilizando una técnica proteómica de Tandem Mass Tag(tm) en combinación con análisis nLC-MS/MS. Identificamos 471 (88 reguladas al alza y 383 reguladas a la baja), 459 (176 reguladas al alza y 283 reguladas a la baja) y 548 (387 reguladas al alza y 161 reguladas a la baja) proteínas expresadas diferencialmente en Sb vs. Lb, Sb vs. Ab y Lb vs. Ab, respectivamente, que estaban involucradas en el transporte y metabolismo de carbohidratos, aminoácidos y lípidos. Además, se identificaron 110 (91 aumentadas y 19 disminuidas), 89 (71 aumentadas y 18 disminuidas) y 99 (37 aumentadas y 62 disminuidas) metabolitos con niveles significativamente diferentes en Sb vs. Lb, Sb vs. Ab y Lb vs. Ab, respectivamente. Los metabolitos identificados estaban relacionados con aminoácidos y sus isoformas, azúcares y polioles, y ácidos orgánicos, y se presentaron en niveles significativamente mayores en las Sbs que en las otras yemas. Así, la formación de yemas florales es un proceso complejo que involucra diversos materiales y señales bioquímicas, como carbohidratos, aminoácidos y sus isoformas, y ácidos orgánicos.