Antecedentes: Los sistemas de captura de movimiento sin marcadores (ML) recientemente han estado disponibles para aplicaciones de biomecánica. La evidencia ha indicado la viabilidad potencial de usar un sistema ML para analizar la cinemática de las extremidades inferiores. Sin embargo, no se ha investigado la estimación de los momentos y potencias articulares de las extremidades inferiores por parte de los sistemas ML. Este estudio tuvo como objetivo comparar los momentos y potencias articulares de las extremidades inferiores estimados por sistemas de captura de movimiento basados en marcadores (MB) y ML. Métodos: Dieciséis voluntarios corrieron en una cinta durante 120 s a 3.58 m/s. Los datos cinemáticos fueron registrados simultáneamente por 8 cámaras infrarrojas y 8 cámaras de video de alta resolución. Los datos de fuerza fueron registrados a través de una cinta de correr instrumentada. Resultados: Se observaron mayores magnitudes máximas para los momentos de extensión y flexión de cadera, momento de flexión de rodilla y momento de flexión plantar de tobillo, junto con sus potencias articulares, en el sistema ML en comparación con un sistema MB (< 0.0001). Por ejemplo, se observaron mayores momentos de extensión de cadera (MB: 1.42 +/- 0.29 vs. ML: 2.27 +/- 0.45) y flexión de rodilla (MB: -0.74 vs. ML: -1.17 nm/kg) en la fase de oscilación tardía. Además, las estimaciones del sistema ML resultaron en magnitudes máximas significativamente menores para el momento de extensión de rodilla, junto con la potencia de producción de rodilla (< 0.0001). Conclusiones: Estas observaciones indican que estimaciones inconsistentes de la posición del centro articular y del centro de masa del segmento entre los dos sistemas pueden causar diferencias en los momentos y potencias articulares de las extremidades inferiores. Sin embargo, con el avance de la estimación de postura en el sistema sin marcadores, las futuras aplicaciones pueden ser prometedoras.