Los endófitos fúngicos se desarrollan dentro de las plantas sin signos externos visibles y pueden conferir ventajas adaptativas a sus hospedadores. Los métodos de cultivo se han utilizado tradicionalmente para reconocer el ensamblaje endofítico fúngico, pero las nuevas técnicas de metabarcoding se están aplicando cada vez más. Este estudio tiene como objetivo caracterizar el ensamblaje endofítico fúngico en brotes, rizomas y raíces de la hierba alta que crece en una gran área de pastizales naturales con un continuo de regímenes de disturbio antropizado. Siete de los 88 taxones identificados a través de metabarcoding representaron el 81.2% de las lecturas (Helotiaceae, sp. A, sp. A, Helotiales A, Agaricales A, sp. y Mollisiaceae C), revelando un pequeño grupo de endófitos abundantes y un gran grupo de especies raras. Aunque ambos métodos detectaron las mismas tendencias en riqueza y diversidad fúngica entre los tejidos (raíz > rizoma > brote) y pastizales (pastizales de baja diversidad > pastizales de alta diversidad), la herramienta de metabarcoding identificó 5.8 veces más taxones que el método de cultivo tradicional (15 taxones), pero, sorprendentemente, no logró secuenciar el endófito más aislado en placas. Dado que ambos métodos aún están sujetos a importantes limitaciones, se requieren ambos para obtener una caracterización completa del ensamblaje endofítico fúngico de la especie vegetal.