La comprensión de las dietas y las redes tróficas estructurales son claves para la comprensión de las comunidades ecológicas, sobre las cuales se basan la biología de la conservación y la gestión. La comprensión del pastoreo y la elección de hábitat para las aves acuáticas es uno de los temas más importantes para los ecólogos aviares hoy en día y puede, hasta cierto punto, ser respondido mediante el análisis dietético. Las heces recolectadas de cuatro aves acuáticas, el silbón euroasiático, el ganso común, el ganso de pies rosados y el ganso de Barnacle en Vejlerne (Dinamarca), fueron analizadas microscópicamente y a través de metabarcoding de eDNA con el uso de secuenciación de nueva generación (NGS) para acumular conocimiento sobre la dieta de estas aves acuáticas. En total, se analizaron microscópicamente 120 muestras de heces, de las cuales el análisis de metabarcoding de eDNA se realizó en 79 muestras. Los ítems de presa fueron identificados de acuerdo con el nivel taxonómico de especie, y se utilizó un método cualitativo, frecuencia de ocurrencia (FO) y FO calculado como un porcentaje, para comparar los resultados de los dos métodos. Como ninguno de los métodos pudo abarcar todas las especies descubiertas al combinar los dos métodos, se concluyó en este estudio que los dos métodos pueden apoyarse mutuamente en un análisis dietético de aves acuáticas, pero no reemplazarse entre sí.