El desarrollo de variedades de maíz con mayor concentración de Provitamina A (PVA) es una estrategia efectiva y asequible para combatir la deficiencia de vitamina A en las naciones en desarrollo. Sin embargo, el alto costo considerable del análisis de carotenoides plantea un desafío importante para la biofortificación de PVA en maíz, lo que ha llevado al uso de la selección asistida por marcadores. Actualmente, se han desarrollado y utilizado ampliamente en programas de mejoramiento genético dos tipos de genotipado con marcadores funcionales vinculados al rasgo PVA. Los dos sistemas son el genotipado basado en gel de baja capacidad y el genotipado con marcadores de polimorfismos de nucleótido único (SNPs) de PCR Alelo-Específico Kompetitive (KASP). Aunque el genotipado de SNPs KASP se desarrolló para reemplazar al genotipado basado en gel, no se han realizado estudios para comparar la efectividad de los marcadores de SNPs KASP con los marcadores basados en gel. Este estudio se realizó para evaluar el contenido de carotenoides de 64 líneas puras de maíz biofortificado con PVA tropical que contienen germoplasma templado en sus antecedentes genéticos y para analizarlas con marcadores basados en gel y KASP de los genes y . Muchas de las 64 líneas puras tenían concentraciones de PVA que superaban el objetivo de cría de 15 ug/g de provitamina A establecido por el Programa de Desafío HarvestPlus. Se detectaron alelos favorables de , y los marcadores de SNPs KASP en 25 líneas puras con altas concentraciones de PVA. Las líneas puras con los alelos favorables de tenían las concentraciones más altas de carotenoides no PVA, mientras que aquellas con los alelos favorables de tenían altos niveles de carotenoides PVA. Los datos de la región secuenciada de revelaron un SNP en el primer intrón que diferenciaba claramente las líneas puras de maíz con alto y bajo beta-caroteno. Los resultados de nuestro estudio demuestran que los marcadores automatizados de SNPs KASP pueden reemplazar al genotipado basado en gel para analizar una gran cantidad de líneas puras de maíz en generaciones tempranas en cuanto al contenido de PVA.