Varios métodos (métodos de Hartree-Fock, métodos semiempíricos, Teoría del Funcional de la Densidad, Mecánica Molecular) utilizados para optimizar una característica de la estructura de una molécula presentan el mismo enfoque básico pero difieren en las aproximaciones matemáticas utilizadas. El procedimiento de optimización de geometría calcula la energía en una geometría inicial de una molécula y luego procede a buscar una nueva geometría con una energía más baja. Utilizando las estructuras 3D recopiladas de la base de datos de PubChem, se realizaron 20 cálculos de optimización de geometría de aminoácidos con varios métodos. El propósito del estudio fue analizar estos métodos (39) para encontrar la relación entre ellos y determinar cuál usar en diferentes circunstancias. Se realizaron análisis de conglomerados y análisis de componentes principales para evaluar las similitudes entre los diferentes métodos. Los resultados después del análisis pueden clasificarse en tres grupos principales y pueden seleccionarse según corresponda para resolver diferentes tipos de problemas.