Los renos se distribuyen principalmente en regiones circumpolares y deben recibir una nutrición adecuada para acumular grasa corporal durante el verano. La microbiota intestinal juega un papel vital en el metabolismo de nutrientes. Sin embargo, las diferencias en la composición microbiana intestinal y el perfil metabólico entre renos machos en cautiverio y en pastoreo durante el verano necesitan ser investigadas más a fondo. Nuestros resultados demostraron que las comunidades microbianas intestinales, las funciones y los perfiles metabólicos diferían significativamente entre los renos en cautiverio y los renos en pastoreo. Los microbios fecales responsables del metabolismo de aminoácidos y ácidos grasos estaban enriquecidos en renos en cautiverio, mientras que aquellos asociados con la utilización de fibra eran abundantes en renos en pastoreo. Estos hallazgos sugieren que el cautiverio conduce a alteraciones en la microbiota intestinal y los metabolitos en los renos.