El interés internacional en la conservación de la biodiversidad y el uso sostenible en tierras secas está creciendo. Los ecosistemas desérticos en el árido Asia Central se ven gravemente afectados por el cambio global. Comprender los cambios en una comunidad de plantas es un requisito esencial para revelar el mecanismo de ensamblaje de la comunidad, la conservación de la vegetación y la gestión. El conocimiento sobre la variación espacial a gran escala en la estructura de la comunidad de plantas en diferentes desiertos de Asia Central sigue siendo limitado. En este estudio, seleccionamos los desiertos de Taukum (TD, Kazajistán) y Gurbantunggut (GD, China) como área de investigación, con latitudes similares a pesar de estar casi 1000 km de distancia. Se establecieron y se investigaron a fondo 13 y 15 parcelas de muestreo. Las diferencias en la estructura de la comunidad dependiendo de múltiples atributos de las plantas (nivel individual: altura de la planta, diámetro de la copa y volumen de la planta, y nivel de comunidad: densidad de plantas, cobertura total y volumen total) fueron estudiadas sistemáticamente. TD tenía un mejor estado ambiental general que GD. Se encontraron un total de 113 especies, con 68 y 74 en TD y GD, respectivamente. El número de especies y atributos de las plantas estaba distribuido de manera desigual entre diferentes familias y grupos funcionales entre los desiertos. Los valores de varios atributos de las plantas, como efímeras, anuales, dicotiledóneas y arbustos con ramas asimilativas en GD, fueron significativamente más bajos que los de TD. Los índices de Motyka de seis atributos de las plantas (26.18-38.61%) fueron más altos entre los dos desiertos que el índice de similitud de especies (20.4%), lo que indica una convergencia más robusta para los atributos funcionales de las plantas. Las estructuras de la comunidad en los dos desiertos representadas por diferentes matrices de atributos de plantas demostraron patrones de diferenciación irregulares en los diagramas de ordenación. La mayor parte de la variación en la estructura de la comunidad se atribuyó a factores edáficos y climáticos, mientras que los factores geográficos tuvieron la menor proporción. En consecuencia, las estructuras de la comunidad de los dos desiertos distantes eran diferentes y similares hasta cierto punto. Esto resultó de los impactos a largo plazo de entornos heterogéneos dentro de la misma región. Nuestro conocimiento se profundiza aún más al comprender la variación en la estructura de la comunidad en diferentes desiertos a gran escala espacial. Esto, por lo tanto, proporciona valiosas ideas para conservar la biodiversidad regional en Asia Central.