Una prueba diagnóstica binaria es una prueba médica que se aplica a un individuo para determinar la presencia o ausencia de una cierta enfermedad y cuyo resultado puede ser positivo o negativo. Un resultado positivo indica la presencia de la enfermedad, y un resultado negativo indica la ausencia. Los valores predictivos positivos y negativos representan la precisión de una prueba diagnóstica binaria cuando se aplica a una cohorte de individuos, y son medidas de la precisión clínica de la prueba diagnóstica binaria. En este manuscrito, estudiamos la comparación de los valores predictivos positivos (negativos) de dos pruebas diagnósticas binarias sujetas a un diseño emparejado a través de intervalos de confianza. Se han estudiado intervalos de confianza para la diferencia y para la proporción de los dos valores predictivos positivos (negativos). Se han realizado experimentos de simulación para estudiar el comportamiento asintótico de los intervalos de confianza, dando algunas reglas generales para su aplicación. También estudiamos un método para calcular el tamaño de la muestra para comparar los parámetros utilizando intervalos de confianza. Hemos escrito un programa en R para resolver los problemas estudiados en este manuscrito. Los resultados se han aplicado al diagnóstico del cáncer colorrectal.