Kimura y Migo es un tipo de hierba con alto valor medicinal, ornamental y comercial, y es rica en polisacáridos. La cría de poliploides es un método de cría importante para el doblaje del genoma de especies medicinales para aumentar la biomasa y la producción de polisacáridos. Estudios previos han revelado un análisis comparativo del transcriptoma y la biosíntesis de polisacáridos a lo largo de las etapas de crecimiento y partes de la planta, pero no ha habido estudios que disecten tales genes y vías en tetraploides. Por lo tanto, este estudio tuvo como objetivo desentrañar los mecanismos moleculares del aumento del contenido de polisacáridos en tetraploides a través de la generación de cuatro bibliotecas transcriptómicas para cuerpos similares a protocormos y plántulas de seis meses de plantas tanto diploides como tetraploides. En este estudio, un total de 230,786,618 lecturas limpias permanecieron con un total de 34.62 Gb de nucleótidos generados; se ensamblaron 274,403 unigenes, de los cuales el 73.99% se anotaron en al menos una de las bases de datos de proteínas; y de 17,451 unigenes, el 6.35% se anotaron en las siete bases de datos de proteínas (NR, NT, KO, Swiss-Prot, FAM, GO y KOG). Se determinaron genes putativos que codifican enzimas relacionadas con las vías de biosíntesis de polisacáridos. RT-qPCR para 11 genes seleccionados al azar involucrados en polisacáridos indicaron consistencia con los datos de ARN-Seq y el contenido de polisacáridos. Las expresiones de nueve genes fueron mayores en plantas tetraploides que en las diploides, mientras que las expresiones de los otros dos genes que codifican enzimas bifuncionales fueron lo opuesto. Este estudio ha proporcionado una base para trabajos posteriores sobre las vías de biosíntesis de metabolitos involucrados en la autoploidía de especies en general, y en particular.