El determinismo de la edad temprana del sexo en el caso de las aves monomórficas es muy importante, ya que la mayoría de las aves de compañía no tienen rasgos dimórficos sexuales distintos. La sexación genética molecular ha demostrado ser una de las determinaciones de sexo más precisas en aves monomórficas. El objetivo de este estudio fue comparar los resultados obtenidos mediante PCR realizada en ADN genómico aislado de muestras emparejadas de plumas y hisopos orales recolectados de los mismos individuos. Se recolectaron muestras de hisopos orales (n = 101) y plumas (n = 74) de 101 aves de compañía de cuatro especies diferentes. La PCR se realizó para la amplificación de los genes CHD1W y CHD1Z en hembras y del gen CHD1Z en machos. La tasa general de éxito de la PCR para la determinación del sexo fue significativamente mayor en los hisopos orales que en las plumas. La tasa de éxito de la PCR de los hisopos orales fue mayor en juveniles y la de las plumas fue significativamente mayor en adultos. La similitud entre los hisopos orales y las plumas se obtuvo en el 78.38% de las aves. Los hisopos orales demostraron ser una muestra más confiable para la determinación genética del sexo en las especies probadas en este estudio.