A pesar del creciente interés en el uso de sistemas aéreos no tripulados (UAS) ligeros para la investigación ecológica y la conservación, la revisión de los aspectos operativos de estas tecnologías en evolución es limitada en la literatura científica. Para derivar un marco objetivo para elegir entre tecnologías, calculamos medidas de eficiencia y realizamos un análisis de frontera de productividad de envoltura de datos (DEA) para comparar la eficacia del uso de aeronaves tripuladas (Cessna con captura de imágenes activada por Aviatrix utilizando un objetivo de 50 mm) y UAS (Mavic Pro 2) para el monitoreo fotogramétrico de los esfuerzos de restauración en ríos trenzados dinámicos en el sur de Nueva Zelanda. La evaluación de la eficacia se basó en los requisitos tecnológicos, logísticos, administrativos y económicos de las fases pre (planificación), peri (adquisición de imágenes) y post (procesamiento de imágenes). Los resultados revelan que los aspectos tecnológicos y logísticos de los UAS fueron más eficientes que los vuelos de aeronaves tripuladas. Administrativamente, el primer despliegue de UAS fue menos eficiente, pero fue muy flexible para despliegues posteriores. Los vuelos de aeronaves tripuladas fueron más productivos en términos del número de imágenes adquiridas, pero la resolución en el suelo de esas imágenes fue inferior en comparación con las de los UAS. El análisis de frontera confirmó que los UAS serían económicos para el monitoreo regular de hábitats, y aún más si el personal de investigación está capacitado para volar los UAS.