Con el desarrollo de la agricultura sostenible, la aplicación de fertilizantes orgánicos en los cultivos en lugar de fertilizantes químicos se ha convertido en una tendencia inevitable. Sin embargo, se sabe poco sobre la proporción de fertilizantes orgánicos que reemplazan a los fertilizantes químicos y cómo afecta a los mecanismos microbianos subyacentes del suelo de piña continuamente cultivado. En este estudio, utilizamos la plataforma de secuenciación de alto rendimiento Illumina Miseq para estudiar el suelo de la rizosfera de piñas cultivadas continuamente y analizar la diversidad y estructura de la comunidad de microorganismos de la rizosfera de piña. Los resultados mostraron que, con una similitud del 97%, el número de OTUs de todas las muestras obtenidas mediante análisis de agrupamiento jerárquico es de 3645. Tanto la fertilización convencional (CF) como la fertilización óptima (YF) aumentaron la abundancia relativa de Proteobacteria, Actinomicetos y Esclerictes, y disminuyeron la abundancia relativa de Acidobacteria, Bacteroidetes, Blastomonas y Verrucobacteria. El reemplazo de fertilizantes orgánicos aumentó la abundancia relativa de Bacteroidetes, entre los cuales la abundancia relativa de chlorocurvus tratada con el reemplazo de fertilizantes orgánicos del 80% fue la más alta. Diferentes métodos de fertilización también cambiaron la diversidad y abundancia de bacterias en el suelo de la rizosfera de piña; la diversidad de las especies fue E > D > C > CK > B > YF > CF. Basándonos en el análisis de la PCoA y NMDS de las comunidades bacterianas del suelo, el tratamiento E fue similar al tratamiento D, el tratamiento CK fue similar al tratamiento YF, y el tratamiento C y el tratamiento D tenían poca diferencia estructural. Sobre la base de un análisis de la composición y función de la flora, se puede observar que diferentes métodos de fertilización tienen diferencias significativas en los grupos bacterianos de la comunidad bacteriana de la rizosfera del suelo de piña. La abundancia relativa de bacterias beneficiosas aumentó. Cuando el fertilizante orgánico reemplaza al fertilizante químico, promueve el papel de las bacterias relacionadas con el ciclo del carbono en la rizosfera.