Las bayas se consideran alimentos funcionales debido a sus posibles beneficios para la salud de los consumidores debido a sus altas concentraciones en compuestos bioactivos. El proceso de extracción de sus compuestos antioxidantes es un paso crucial. En este trabajo, se han evaluado y comparado los procesos de extracción asistida por ultrasonido (UAE) y microondas (MAE) para la recuperación de compuestos fenólicos totales (TPC) y antocianinas totales (TA) de la mora. Dado que varias variables influyen en la eficiencia de los procesos de extracción, se eligió un método de superficie de respuesta utilizando un diseño Box-Behnken (BBD) para la optimización de las variables de UAE y MAE. Se optimizaron seis variables (solvente, temperatura, amplitud, ciclo, pH y relación muestra:solvente) para UAE, mientras que la optimización para MAE se realizó en cuatro variables (solvente, temperatura, pH y relación muestra:solvente). Se ha demostrado que el solvente y la temperatura tienen una influencia significativa en la extracción tanto de TA como de TPC. Solo fueron necesarios 10 y 5 minutos para completar los procedimientos de UAE y MAE, respectivamente. También se realizó un estudio de precisión, y se determinó un coeficiente de variación inferior al 5%. No se obtuvieron diferencias significativas al usar UAE y MAE en sus condiciones óptimas respectivas. Por lo tanto, los resultados demostraron un uso potencial exitoso de ambas técnicas para la extracción de TA y TPC de la mora. En conclusión, este trabajo muestra perspectivas interesantes para los laboratorios analíticos de control de calidad para el desarrollo de técnicas de extracción rápida para cuantificar estos compuestos antioxidantes en las moras.