Un programa de mejoramiento de plantas necesita evaluar un gran número de materiales para diferentes características en un tiempo limitado. La espectroscopía de infrarrojo cercano (NIR) se ha utilizado para determinar rápidamente la composición de semillas en varias especies de cultivos. En este estudio, comparamos las evaluaciones de proteína y contenido de aceite en semillas enteras mediante métodos NIR en soja [(L.) Merr.], y luego discutimos su aplicación en el mejoramiento de plantas. Las diferencias entre las entradas probadas fueron altamente significativas en ambas características para cada método utilizado. No hubo diferencia significativa, pero existía una alta correlación y consistencia entre los métodos DA 7250 y de química húmeda. En comparación con DA 7250, ZX-50 exhibió, en cierta medida, diferencias o errores. Se encontró que las diferencias de los métodos ZX-50 estaban correlacionadas con el tamaño de las semillas y podían corregirse utilizando ecuaciones de regresión formuladas para el cálculo del sesgo. Después de la corrección, las diferencias en las predicciones entre los métodos DA 7250 y ZX-50 fueron insignificantes. Al igual que DA 7250, los métodos ZX-50 mostraron una alta repetibilidad (> 98%) de las predicciones. Al validar con 760 muestras a granel de diferentes tipos de semillas y 240 muestras de plantas individuales, se demostró además que, como un método no destructivo, rápido y rentable, el análisis NIR ZX-50 con una corrección de sesgo adecuada podría utilizarse en el mejoramiento de la soja, especialmente adecuado para la selección de plantas individuales basada en semillas enteras.