Comparación de enfoques tradicionales y de nueva generación para descubrir la diversidad de fitoplasmas, con el descubrimiento de nuevos grupos, subgrupos y vectores potenciales
Autores: Trivellone, Valeria; Cao, Yanghui; Dietrich, Christopher H.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Comparación de enfoques tradicionales y de nueva generación para descubrir la diversidad de fitoplasmas, con el descubrimiento de nuevos grupos, subgrupos y vectores potenciales
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Fitoplasmas
Secuenciación
AHE
Biodiversidad
Asociaciones de vectores
Insectos que se alimentan del floema
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 15
Citaciones: Sin citaciones
A pesar de varios décadas de esfuerzo por detectar e identificar fitoplasmas (Mollicutes) utilizando PCR y secuenciación Sanger centrada en plantas enfermas, el conocimiento sobre la biodiversidad de fitoplasmas y las asociaciones con vectores sigue siendo muy incompleto. Para mejorar los protocolos para documentar la diversidad y ecología de fitoplasmas, utilizamos ADN extraído de insectos que se alimentan de floema y comparamos la secuenciación Sanger tradicional con un método de secuenciación de nueva generación, Enriquecimiento Híbrido Anclado (AHE) para detectar y caracterizar fitoplasmas. Entre 22 de 180 muestras de chicharritas que inicialmente dieron positivo para fitoplasmas utilizando qPCR, AHE produjo secuencias de fitoplasmas para 20 (19 secuencias completas y 1 parcial), mientras que la secuenciación Sanger produjo secuencias para 16 (11 completas y 5 parciales). AHE produjo secuencias de fitoplasmas para 7 muestras adicionales (3 completas y 4 parciales) que no cumplían con el umbral de positividad de qPCR para fitoplasmas o que produjeron secuencias no fitoplasmas utilizando secuenciación Sanger. Esto sugiere que AHE es más eficiente para obtener secuencias de fitoplasmas. Veintitrés muestras con datos suficientes fueron clasificadas en ocho subgrupos (16SrI-B, I-F, I-AO, III-U, V-C, IX-J, XI-C, XXXVII-A), tres nuevos subgrupos (designados como 16SrVI-L, XV-D, XI-G) y tres posibles nuevos grupos. Nuestros resultados sugieren que la selección de insectos que se alimentan de floema utilizando qPCR y secuenciación AHE puede ser el método más eficiente para descubrir nuevos fitoplasmas.
Descripción
A pesar de varios décadas de esfuerzo por detectar e identificar fitoplasmas (Mollicutes) utilizando PCR y secuenciación Sanger centrada en plantas enfermas, el conocimiento sobre la biodiversidad de fitoplasmas y las asociaciones con vectores sigue siendo muy incompleto. Para mejorar los protocolos para documentar la diversidad y ecología de fitoplasmas, utilizamos ADN extraído de insectos que se alimentan de floema y comparamos la secuenciación Sanger tradicional con un método de secuenciación de nueva generación, Enriquecimiento Híbrido Anclado (AHE) para detectar y caracterizar fitoplasmas. Entre 22 de 180 muestras de chicharritas que inicialmente dieron positivo para fitoplasmas utilizando qPCR, AHE produjo secuencias de fitoplasmas para 20 (19 secuencias completas y 1 parcial), mientras que la secuenciación Sanger produjo secuencias para 16 (11 completas y 5 parciales). AHE produjo secuencias de fitoplasmas para 7 muestras adicionales (3 completas y 4 parciales) que no cumplían con el umbral de positividad de qPCR para fitoplasmas o que produjeron secuencias no fitoplasmas utilizando secuenciación Sanger. Esto sugiere que AHE es más eficiente para obtener secuencias de fitoplasmas. Veintitrés muestras con datos suficientes fueron clasificadas en ocho subgrupos (16SrI-B, I-F, I-AO, III-U, V-C, IX-J, XI-C, XXXVII-A), tres nuevos subgrupos (designados como 16SrVI-L, XV-D, XI-G) y tres posibles nuevos grupos. Nuestros resultados sugieren que la selección de insectos que se alimentan de floema utilizando qPCR y secuenciación AHE puede ser el método más eficiente para descubrir nuevos fitoplasmas.