Los microsatélites (SSRs) están ampliamente distribuidos en los genomas de los organismos y son una base genética importante para la evolución del genoma y la adaptación fenotípica. Aunque se han investigado los patrones de distribución de los microsatélites en muchas líneas filogenéticas, siguen siendo poco claros dentro de los clados aviares morfológica y fisiológicamente diversos. Aquí, basándonos en genomas de alta calidad a nivel de cromosoma, examinamos los patrones de distribución de microsatélites en 53 aves de 16 órdenes. Los resultados demostraron que cada tipo de SSR tenía la misma proporción entre los taxones. Por ejemplo, la frecuencia de SSRs imperfectos (I-SSRs) fue del 69.90-84.61%, mientras que los SSRs perfectos (P-SSRs) fueron del 14.86-28.13% y los SSRs compuestos (C-SSRs) del 0.39-2.24%. Los SSRs de mononucleótidos fueron dominantes para los SSRs perfectos (32.66-76.48%) en la mayoría de las especies de aves (98.11%), y A(n) fue el motivo de repetición más abundante de los P-SSRs en todas las aves (5.42-68.22%). Nuestro estudio confirmó además que la abundancia y diversidad de microsatélites estaban menos afectadas por la historia evolutiva que por su longitud. El número de P-SSRs disminuyó con el aumento de los tiempos de repetición, y los motivos de P-SSRs más largos tenían un mayor coeficiente de variabilidad del número de copias de repetición y menor diversidad, lo que indica que los motivos más largos tendían a tener preferencias más estables en los genomas aviares. También encontramos que los P-SSRs estaban principalmente distribuidos en los extremos de los genes, y la anotación funcional de estos genes demostró que estaban relacionados con la transducción de señales y procesos celulares. En conclusión, nuestra investigación proporcionó patrones de distribución de SSR aviares, lo que ayudará a explorar la base genética de la diversidad fenotípica en las aves.