La variación de los diazótrofos ha sido elusiva en múltiples regiones de SCS y WPO debido a la falta de datos. Por lo tanto, se investigaron las dinámicas de la composición y distribución diazotrófica en este estudio, basado en secuenciación de alto rendimiento y PCR cuantitativa del gen. Encontramos que las Proteobacterias dominaban la comunidad diazotrófica en el SCS afectado por el río y que las cianobacterias y las Proteobacterias eran más abundantes en el SCS dominado por el océano y en el WPO. El análisis de qPCR mostró que las cianobacterias eran abundantes en el afluente del río Perla y en la cuenca del SCS influenciada por la intrusión de Kuroshio, y también prosperaron en la región subecuatorial del WPO. Las cianobacterias unicelulares UCYN-A se detectaron principalmente en el área afectada por el río, UCYN-B fue abundante en el WPO, UCYN-C tuvo una abundancia relativamente alta en el área dominada por el océano, y se observó una preponderancia de -Proteobacterias -24774A11 en el SCS dominado por el océano y el WPO pelágico. Las comunidades diazotróficas presentaron relaciones significativas de disminución con la distancia, reflejando patrones biogeográficos claros en el área de estudio. Las variaciones de la estructura de la comunidad diazotrófica fueron bien explicadas por el nitrógeno inorgánico disuelto, el fosfato inorgánico disuelto mediante una variable espacial de eigenvector PCNM1. Estos resultados proporcionan más información para ayudar a determinar el mecanismo ecológico de las elusivas comunidades diazotróficas en diferentes ecosistemas oceánicos.