Se estudió la estructura de las comunidades de diatomeas fitobentónicas para revelar diferencias entre secciones de ríos naturales y canalizados en Eslovenia. Como parte del monitoreo nacional de aguas superficiales, se recolectaron muestras de fitobentos en 85 sitios a lo largo del país de acuerdo con protocolos estándar. Al mismo tiempo, también se evaluaron parámetros ambientales básicos. Se calcularon índices tróficos (TI) y sapróbicos (SI) basados en diatomeas y otras algas, mientras que los índices de diversidad y los análisis de gradiente se realizaron solo para la comunidad de diatomeas. Los resultados mostraron que los ríos canalizados albergan comunidades de diatomeas bentónicas significativamente más diversas que las secciones naturales, principalmente debido al número significativamente mayor de taxones de diatomeas móviles que son capaces de aprovechar secciones de ríos más ricas en nutrientes y menos sombreadas debido a su alta adaptabilidad. Los parámetros ambientales seleccionados explicaron el 34% de la variabilidad en la estructura de la comunidad de diatomeas cuando los taxones fueron clasificados en tipos ecológicos. La eliminación de dio resultados más claros (24.1%) que la matriz total de especies (22.6%). Por lo tanto, sugerimos excluir este taxón de los cálculos de TI, SI u otros índices cuando se determine como complejo, porque el complejo fue el más abundante en ambos tipos de tramos en nuestro estudio y tiene una amplia amplitud ecológica, lo que reduce el poder indicativo de la comunidad de diatomeas en la evaluación de las condiciones ambientales y el estado ecológico.