Asignar una colonia de abejas melíferas a la subespecie correspondiente es crucial para implementar programas de conservación que preserven la integridad genética de las poblaciones locales, aunque puede ser un desafío técnico y económico cuando se necesitan enfoques de monitoreo a gran escala. El análisis morfométrico de las abejas melíferas, considerado el estándar de oro para este propósito, es un método exigente en términos de preparación de muestras. Por lo tanto, comparamos los resultados obtenidos de este método con los hallazgos del análisis de ADN mitocondrial (ADNmt) de las abejas melíferas y la miel muestreada de las mismas colonias utilizadas para el análisis morfométrico. Para evaluar comparativamente estos tres métodos, aprovechamos un estudio de campo derivado de la necesidad de aplicar una ley regional emitida por la región de Emilia-Romaña (norte de Italia) que protege a las subespecies. Para aproximadamente dos tercios de las ochenta colonias que analizamos, los tres métodos coincidieron en clasificar las colonias como pertenecientes o no a la subespecie. Aunque no es completamente efectivo en términos de información, el análisis de ADNmt de las muestras de miel podría servir como un ensayo inicial rentable útil para comenzar iniciativas destinadas a evaluar la integridad genética de las subespecies.