Teosinte es el ancestro silvestre más cercano del maíz y se utiliza como un recurso valioso para estudios taxonómicos, evolutivos y arquitectónicos genéticos del maíz. Teosinte también es un repositorio de numerosos alelos diversos para rasgos complejos, incluido el valor nutricional y la adaptación al estrés. Las accesiones, incluidas teosintes, líneas puras de maíz y coix, fueron investigadas por su contenido de proteínas en el grano y su asociación con marcadores de ADN. La investigación propuesta asumió que las accesiones silvestres tenían un contenido genético/alelo diferente y, en consecuencia, un perfil de expresión diferente al del maíz moderno debido al síndrome de domesticación y los efectos de cuello de botella. El contenido total de proteínas en las accesiones de teosinte de estuche de fruta dura y pedregosa se evaluó a partir de granos con y sin cáscaras de semilla, mientras que el contenido de proteínas de coix y líneas de maíz se evaluó solo a partir de granos. Las accesiones también fueron sometidas a un perfilado molecular utilizando 84 marcadores SSR, y los datos genotípicos obtenidos se utilizaron para el análisis de estructura de población y asociación. Los resultados enfatizan que los teosintes tienen un mayor contenido de proteínas (18,5% a 26,29%), seguido por coix (18,26%), y el menor entre las líneas de maíz (9% a 11%). Entre los teosintes, las muestras sin cáscara de semilla tenían un contenido de proteínas 3-6% más alto que las muestras con cáscara de semilla. En comparación con otras especies de teosinte, las accesiones de subespecie mostraron un mayor contenido de proteínas, que oscilaba entre el 18,62% y el 26,29%. Todas las accesiones evaluadas se dividieron en cuatro subpoblaciones con K = 4, y se observaron siete asociaciones significativas ( < 0,01) entre marcadores y rasgos con los marcadores umc1294, umc1171, phi091, umc2182 y bnlg292, distribuidos en los cromosomas 4, 5, 7, 8 y 9, respectivamente. Hemos observado que los parientes silvestres llevan alelos que aumentan el contenido de proteínas y pueden ser utilizados como progenitores donantes productivos en esfuerzos de premejoramiento para aumentar el contenido de proteínas del maíz.