Las plantas y sus derivados, como las frutas, pueden ser habitados por diferentes bacterias. Sin embargo, esta microbiota aún está poco estudiada. Entre la amplia variedad de metabolitos que producen las bacterias, se han identificado los biosurfactantes como moléculas potenciales en el desarrollo de bioprocesos para diversos sectores industriales. En este trabajo, analizamos y comparamos la microbiota de los residuos de frutas (mango y naranja), con el fin de comparar dos posibles fuentes de bioprospección. Para ello, se utilizó un enfoque bioinformático para realizar el análisis taxonómico y la predicción del perfil funcional de la microbiota presente en las muestras. Los resultados mostraron que la microbiota presente en ambos residuos de frutas tiene potencial en aplicaciones biotecnológicas para producir biosurfactantes, ya que estas microbiotas tienen genes relacionados con la biosíntesis de estos compuestos. El núcleo común de la microbiota presente en las muestras demostró, según la literatura, estar compuesto por productores de biosurfactantes, mostrando el potencial biosurfactante de las bacterias aisladas de los residuos de naranja y mango.