El síndrome inflamatorio multisistémico en niños (MIS-C) es un síndrome novedoso asociado con la infección por el coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) con características clínicas variables. Este estudio tuvo como objetivo analizar los perfiles de expresión de citoquinas en sangre, informar sobre las características clínicas importantes y correlacionarlas con los resultados a corto y mediano plazo. Métodos: Este estudio transversal se llevó a cabo en niños hospitalizados con MIS-C desde marzo de 2021 hasta mayo de 2022. Los fenotipos se clasificaron en dos grupos (A, B) según la gravedad de la enfermedad y la necesidad de soporte respiratorio invasivo. Se informaron las características clínicas, los parámetros de laboratorio y los resultados. Resultados: Identificamos 60 niños con MIS-C (edad media de 7.4 +/- 3.8 años) en comparación con 30 controles emparejados por edad y sexo con COVID-19 simple. Las manifestaciones clínicas de los pacientes con MIS-C fueron fiebre (100%), respiratorias (83.3%), gastrointestinales (80%) y conjuntivitis (80%). Veintisiete niños con MIS-C (45%) requirieron admisión a la UCI pediátrica debido a shock y necesitaron ventilación mecánica. Se observaron anemia, linfopenia y niveles elevados de marcadores de inflamación y daño tisular en los grupos de MIS-C (principalmente B). Se observaron niveles altos de citoquinas (IL-1beta, IL-6, IFN-alfa, GM-CSF y HMGB1) de manera aguda en los niños con MIS-C, y se informó de una elevación persistente de algunas citoquinas en el seguimiento a mediano plazo, especialmente en el Grupo B. Conclusión: Una respuesta inflamatoria robusta a la enfermedad COVID-19 con niveles elevados de IL-1beta, IL-6 y GM-CSF podría explicar la gravedad y el resultado del síndrome clínico.