El cerdo HN, indígena de la provincia de Henan, se distingue por su menor rendimiento de carne magra y tasas de crecimiento más lentas en comparación con las razas extranjeras comerciales. Para abordar estas limitaciones, se generaron tres combinaciones híbridas mediante el cruce de cerdas de Huainan con sementales Yorkshire, Landrace y Berkshire. En este estudio, se llevaron a cabo por primera vez análisis transcriptómicos y metabolómicos extensivos del músculo LD, y se compararon las características de calidad de la canal y de la carne entre los cerdos híbridos y HN. Las evaluaciones de calidad de sacrificio y músculo revelaron que el porcentaje de carne magra de LH y YH era significativamente menor que el de HN, siendo YH el que presentaba el nivel más bajo de grasa intramuscular, lo que indica que esta raza posee una mayor eficiencia en la producción de carne magra. El perfil transcriptómico reveló un aumento notable en la expresión de , , , , , , , y en los tres grupos híbridos en comparación con HN. El análisis de enriquecimiento de Gene Ontology identificó que la diferenciación de células del músculo esquelético (GO:0035914) y la vía de señalización del receptor del factor de crecimiento transformante beta (GO:0007179) estaban exclusivamente enriquecidas en la comparación de YH vs. HN. El análisis metabolómico no dirigido identificó 31, 36 y 12 DAMs en las comparaciones de BH vs. HN, LH vs. HN y YH vs. HN, siendo el metabolismo del piruvato la única vía común a todos los grupos. Un análisis integrado de multi-ópticas reveló correlaciones significativas entre los niveles de fitosfingosina y los DEGs en las tres comparaciones. En resumen, estos resultados indican que el cruce mejora sustancialmente el rendimiento de carne magra en los cerdos HN mientras proporciona nuevas perspectivas moleculares sobre los mecanismos genéticos y metabólicos subyacentes.