El objetivo de este estudio fue evaluar las diferencias regionales mediante el análisis de la microbiota intestinal en muestras de diferentes áreas de China. Se recolectaron de diez sistemas de cultivo integrado de arroz y cangrejo de río ubicados en diez áreas productoras principales: Feixi (FX), Suqian (SQ), Yangzhou (YZ), Xuyi (XY), Qianjiang (QJ), Jianli (JL), Honghu (HH), Yueyang (YY), Changsha (CS) y Nanxian (NX). La composición de la microbiota intestinal se evaluó mediante el análisis de secuencias de 16S rRNA. Los resultados del PCoA indicaron diferencias significativas en la composición de la comunidad microbiana entre las diez áreas (R = 0.999, p = 0.001). La diversidad microbiana intestinal en los cultivos en campos de arroz de YY y CS superó a la de otras regiones, siendo NX la que mostró la menor diversidad. A nivel de filo, los Proteobacteria fueron los más abundantes en HH, mientras que los Firmicutes mostraron abundancias relativas aumentadas en FX y SQ, contrastando con las menores abundancias relativas de Bacteroidetes en estas áreas. A nivel de género, las bacterias dominantes fueron , , , , y . El análisis de redes de co-ocurrencia bacteriana reveló que las estructuras de la comunidad en los lugares FX, SQ, XY, HH y NX eran comparativamente simples, mientras que las de las regiones YZ, QJ, JL, YY y CS se mostraron más complejas. En resumen, la diversidad y abundancia relativa de las bacterias intestinales exhiben variabilidad regional. Estos hallazgos pueden ofrecer datos teóricos para evaluar la calidad de la acuicultura.