Los tejidos de archivo son la fuente más disponible de tejidos humanos útiles para el análisis molecular en la investigación traslacional. Los principales problemas para esas muestras son la modificación y degradación de biomoléculas, es decir, proteínas, ADN y ARN. En la última década, se han aplicado varios métodos analíticos de alto rendimiento a los tejidos de archivo. Aunque los tejidos histológicos están fijados en formalina neutral tamponada en la actualidad, en el pasado reciente, también se utilizaba la solución de Bouin en el procesamiento de tejidos. El presente estudio tiene como objetivo investigar la viabilidad de la hibridación Nanostring nCounter en la cuantificación de ARNm en muestras altamente degradadas, como los tejidos fijados en Bouin y embebidos en parafina (BFPE), en comparación con los tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina estándar (FFPE) como fuente de ARN. Se analizaron un total de 16 bloques de tejido embebido en parafina de ocho pacientes (8 eran FFPE y 8 eran BEPE). La tecnología Nanostring se aplicó a 300 ng de cada muestra de ARN, mientras que 360 ng de los mismos se retrotranscribieron y se sometieron a qPCR y ddPCR. Nuestros resultados muestran que la tecnología Nanostring supera a los métodos de referencia (ddPCR y qPCR) en la detección de ARNm objetivo en muestras FFPE y BFPE. Sin embargo, incluso la tecnología Nanostring no escapa a la limitación impuesta por la degradación de las plantillas de ARN, lo que podría llevar a conclusiones engañosas sobre el nivel de expresión génica.