El garbanzo es un cultivo clave en sistemas de cultivo sostenible y por su valor nutricional. Los estudios sobre las influencias agronómicas y genéticas en la composición de proteínas del garbanzo están ausentes. Con el fin de obtener una profunda comprensión de la respuesta genética de los garbanzos al manejo en relación con los rasgos agronómicos y de calidad, se llevó a cabo un ensayo de campo de dos años con ocho genotipos de garbanzos bajo un sistema de cultivo orgánico y convencional. La composición de proteínas fue evaluada por SDS-PAGE en relación con las principales fracciones (vicilina, convicilina, legumina, lectina, 2s-albumina). La respuesta del cultivo fue altamente influenciada por el año y presumiblemente también por el manejo, con una disminución del -50% en el rendimiento del grano bajo la agricultura orgánica, principalmente debido a una reducción en el número de semillas por metro. No se observó ningún efecto del manejo del cultivo en el contenido de proteínas, a pesar de las diferencias significativas en cuanto a la composición de proteínas. La relación entre las principales globulinas, 7s vicilina y 11s legumina, mostró una relación negativa con el rendimiento del grano y se encontró que era mayor bajo la agricultura orgánica. Entre los genotipos, el garbanzo de semilla negra Nero Senise se caracterizó por la mayor productividad y capacidad de retención de agua, asociada con un bajo contenido de lectina. Estos hallazgos destacan la importancia de la elección de genotipos de garbanzos para el cultivo bajo agricultura orgánica en relación con el rendimiento agronómico y la calidad tecnológica y de salud.