Promover especies de cultivos descuidadas y subutilizadas es una posible solución para enfrentar los complejos desafíos de la seguridad alimentaria global. El chayote es una especie de cucurbitácea descuidada y subutilizada (NUCuS), que se reconoce como un vegetal-fruta en América Latina y se cultiva ampliamente en Asia y África. Sin embargo, el conocimiento biológico básico sobre el cultivo es insuficiente en fuentes científicas, especialmente fuera de su centro de origen. En este estudio, se realizaron observaciones limitadas sobre caracteres reproductivos, diferenciando accesiones de México, Japón y Myanmar. La evaluación citológica entre accesiones mexicanas y japonesas mostró que el contenido relativo de ADN nuclear es de 1.55 +/- 0.05 pg, el tamaño estimado del genoma es de 1511 a 2C/Mbp, y el número cromosómico mitótico observado es 2 = 28. También se examinó la diversidad genética de 21 accesiones de chayote utilizando seis marcadores de microsatélites. Se detectó una baja heterocigosidad genética global ( = 0.286 y 0.408) y tres grupos genéticos. Los resultados establecieron la base para proporcionar información sobre la historia de llegada del chayote en Asia al observar la morfología reproductiva del cultivo, la citología y el estado de diversidad genética fuera de su centro de origen. Esto podría ayudar en el desarrollo de programas de utilización y conservación sostenibles para el chayote.