Las comunidades microbianas no solo son un indicador importante del estado del suelo, sino también un determinante de la nutrición de las plantas y los niveles de salud. La pérdida de control del ecosistema de la comunidad microbiana puede llevar directamente a la ocurrencia de enfermedades microbianas. Durante el proceso de plantación de imitación salvaje de Yuanyang Nanqi, las enfermedades de pudrición de raíces ocurren con frecuencia, afectando seriamente su rendimiento y calidad. A través del secuenciación de amplicones, este estudio comparó principalmente la composición de la comunidad microbiana entre el suelo de la rizosfera y las raíces de Yuanyang Nanqi sanas y enfermas con pudrición de raíces. La alpha-diversidad mostró que la diversidad y abundancia de la comunidad microbiana en las raíces de Yuanyang Nanqi enfermas eran mucho menores que las de los especímenes sanos, mientras que no se encontraron diferencias significativas en el suelo de la rizosfera. La beta-diversidad mostró que la comunidad bacteriana en la región de Gejiu y la comunidad fúngica en la región de Honghe eran significativamente diferentes de las de otras regiones. El mapa de abundancia relativa de especies mostró que no había una diferencia obvia en la composición de la comunidad microbiana entre el suelo de la rizosfera y las raíces de Nanqi sanas y enfermas, pero en los especímenes enfermos con pudrición de raíces, las proporciones de Pseudomonas y Fusarium aumentaron. Basándose en un análisis de predicción funcional de FUNGuild, los resultados mostraron que las raíces de Nanqi eran principalmente del tipo saprofito patológico y que su suelo de rizosfera era principalmente del tipo saprofito. Los microorganismos en las raíces de los tubérculos de Yuanyang Nanqi con pudrición de raíces también fueron aislados e identificados mediante el uso del método de cultivo. Las posibles cepas patógenas fueron probadas mediante antiinoculación, y Fusarium oxysporum fue identificado como uno de los principales hongos patógenos de la pudrición de raíces de Nanqi, lo cual fue consistente con los resultados de secuenciación de amplicones. Estos resultados nos ayudarán a comprender la tendencia de cambio de las comunidades microbianas en plantas sanas y enfermas y analizar los patógenos involucrados, la patogénesis y los microorganismos beneficiosos, lo cual proporcionaría una base teórica para un control biológico efectivo.