Este estudio investiga las comunidades bacterianas y fúngicas en el aire en el sureste de Italia y Albania utilizando técnicas avanzadas basadas en ADN y análisis de datos de composición (CoDa). Evaluamos la importancia de las comunidades microbianas en el aire, detallando nuestras metodologías para la selección de sitios, recolección de muestras, extracción de ADN y análisis de datos. Nuestros resultados revelan diferencias distintas en la composición microbiana entre las dos regiones, impulsadas por factores ambientales locales. Específicamente, las muestras albanesas mostraron mayores abundancias de especies bacterianas como y , mientras que las muestras italianas se caracterizaron por una prevalencia de y . En términos de hongos, los sitios albaneses exhibieron una mayor abundancia de , , y . Los dendrogramas basados en la distancia de Aitchison y los biplots de análisis de componentes principales (PCA), utilizando descomposición en valores singulares, delinearon claramente una separación geográfica de las comunidades microbianas, subrayando el impacto de las condiciones atmosféricas regionales en la composición microbiana. En la discusión, interpretamos estos hallazgos en el contexto de los factores ambientales regionales, destacando sus implicaciones para comprender las diferencias regionales en las comunidades microbianas en el aire. La conclusión enfatiza la efectividad de las técnicas avanzadas de ADN y CoDa en la microbiología ambiental, ofreciendo perspectivas sobre cómo las condiciones ambientales locales moldean las comunidades microbianas y sugiriendo direcciones para futuras investigaciones y consideraciones de salud pública.