El caballo Lipizzano es una raza indígena eslovena mantenida como una población pequeña y cerrada con un flujo genético limitado de otras subpoblaciones. En tales poblaciones, salvaguardar la diversidad genética mientras se controla la endogamia es un desafío clave, ya que la endogamia excesiva puede comprometer la fertilidad, la salud y la sostenibilidad a largo plazo. Tradicionalmente, la endogamia se monitorea utilizando registros de pedigrí, pero las estimaciones basadas en el pedigrí a menudo subestiman el verdadero nivel de parentesco. En este estudio, comparamos los coeficientes de endogamia basados en el pedigrí con medidas genómicas derivadas de datos de SNP en 329 Lipizzanos eslovenos. Los análisis genómicos pueden identificar regiones del genoma que son idénticas por descendencia (autoigocidad) y distinguir si provienen de ancestros recientes o lejanos. Los métodos genómicos basados en segmentos, especialmente aquellos que se basan en tramos de homoigocidad y homoigocidad por descendencia, revelaron una mayor endogamia que las estimaciones del pedigrí e indicaron que la mayor parte de la autoigocidad provenía de ancestros lejanos, con poca evidencia de apareamientos cercanos recientes. En general, nuestros hallazgos enfatizan el valor de combinar información de pedigrí y genómica para monitorear la diversidad genética. Muestran cómo las herramientas genómicas complementan los registros de pedigrí, fortalecen la gestión sostenible del caballo Lipizzano y sirven como un estudio de caso para otras poblaciones pequeñas orientadas a la conservación.