Los sistemas agroforestales (SAF) han ganado reconocimiento como una estrategia de uso de la tierra para abordar la seguridad alimentaria y el cambio climático. Implican cultivar árboles intencionalmente junto con cultivos y/o animales. Los SAF cubren aproximadamente el 5% del área forestal global y promueven la conservación sostenible del suelo, incluida la secuestración de carbono orgánico del suelo (C). En algunas áreas de Chile, los SAF se utilizan para preservar el valor ecológico de los bosques nativos. Este estudio evalúa los efectos de dos SAF, a saber, un agroforestal para la producción de forraje (AF) y un sistema silvopastoril (SPS), dentro de un bosque nativo degradado (sp.). La evaluación se centra en su impacto en la capacidad de C y la calidad del suelo (SQ), utilizando índices de calidad del suelo (SQIs) derivados de 30 indicadores de calidad del suelo (SI) relacionados con propiedades físicas, químicas y microbiológicas a dos profundidades (0-5 y 5-20 cm). Los resultados para la profundidad total analizada (0-20 cm) indican un C promedio de 6.88 y 4.83 Mg C año y un SQI global del 37.8% y 31.0% para AF y SPS, respectivamente. Entre los trece SI que mostraron diferencias significativas (<0.05), cinco estaban asociados con las profundidades consideradas (P, Ca, S, ECEC y Al), tres diferían entre AF y SPS (BD, NH, NO), mientras que SOC, K y Mg variaban en todas las condiciones (por ejemplo, combinaciones de sistemas y profundidades), y beta y N diferían en una sola condición. Sin embargo, casi todos los 30 SI analizados mostraron valores más altos en la profundidad de 0-5 cm, lo que indica los efectos positivos de las adiciones de materia orgánica del suelo (SOM)/SOC. Las interacciones significativas (correlación de Pearson) revelaron que SOC se correlacionaba con la mayoría de los SI (por ejemplo, N, NH, P, K, Ca, Mg, S, ECEC, N). Estos hallazgos sugieren que tanto los sistemas AF como SPS tienen capacidades similares para restaurar el valor ecológico de los bosques nativos al tiempo que proporcionan condiciones para un uso productivo y complementario. Esta opción sostenible ofrece oportunidades para la producción de ganado junto con esfuerzos de restauración ecológica y proporciona una estrategia posible para generar políticas públicas relacionadas con los servicios ecosistémicos de los sistemas agroforestales.