El bienestar fisiológico del hospedador está intrínsecamente asociado con la microbiota intestinal. Sin embargo, estudios previos sobre la microbiota intestinal se han centrado en aves domesticadas o en cautiverio. Este estudio utilizó tecnología de secuenciación de alto rendimiento para identificar las comunidades bacterianas intestinales de gansos de frijol, grúas de capucha y gansos domésticos. Los resultados indicaron que la diversidad bacteriana intestinal en gansos domésticos y grúas de capucha mostró una diversidad considerablemente mayor que en los gansos de frijol. Las composiciones de las comunidades bacterianas intestinales variaron significativamente entre los tres hospedadores (< 0.05). En comparación con la grúa de capucha, el ganso de frijol y el ganso doméstico eran más similares en su genotipo e historia evolutiva, con menos diferencias en la composición de la comunidad bacteriana y los procesos de ensamblaje entre las dos especies. Por lo tanto, los resultados podrían apoyar el papel crucial de los genotipos del hospedador en su microbiota intestinal. Las bacterias intestinales de las grúas de capucha salvajes y los gansos de frijol tenían una mayor capacidad para el metabolismo energético en comparación con los gansos domésticos, lo que sugiere que las aves salvajes pueden depender más de su microbiota intestinal para sobrevivir en condiciones frías. Además, se identificó que los intestinos de los tres hospedadores albergaban patógenos potenciales. La abundancia relativa de patógenos fue mayor en la grúa de capucha en comparación con las otras dos especies. El ensamblaje de la comunidad bacteriana intestinal de la grúa de capucha reveló el proceso menos determinista con la menor filtración/selección sobre la microbiota intestinal, lo que podría haber sido una razón para el mayor número de patógenos encontrado. En comparación con la grúa de capucha, el ganso de frijol simpátrico mostró la menor diversidad y abundancia relativa de patógenos. La red de co-ocurrencia bacteriana intestinal mostró la mayor estabilidad en el ganso de frijol, lo que potencialmente mejora la resistencia del hospedador a entornos adversos y reduce la susceptibilidad a la invasión de patógenos. En este estudio, también se descubrió que los patógenos se superponían entre los tres hospedadores, recordándonos la necesidad de monitorear el potencial de transmisión de patógenos entre aves de corral y aves salvajes. En general, los hallazgos actuales tienen el potencial de mejorar la comprensión de las estructuras de comunidades bacterianas intestinales y patógenas en aves de corral y aves salvajes.