Antecedentes: El mutante de hoja amarilla presenta una vía de metabolismo de fenilpropanoides alterada en comparación con el tipo salvaje (WT). Sin embargo, los detalles sobre los metabolitos asociados con la variación del color de las hojas, incluidos los metabolitos específicos del color con constituyentes bioactivos, no se comprenden completamente. Métodos: Se utilizaron enfoques químicos y metabolómicos para comparar la composición de metabolitos y la capacidad antioxidante entre las hojas del mutante y las del WT. Resultados: El mutante exhibió una estructura de xilema irregular con un contenido de polímeros fenólicos de lignina significativamente más bajo y compuestos fenólicos solubles más altos. El análisis metabolómico no dirigido identificó compuestos fenólicos, particularmente lignanos, como metabolitos diferenciales clave entre el mutante y el WT, con un aumento significativo en el mutante. El derivado de neolignano balanofonina-4--D-glucosa fue identificado como un metabolito característico en el mutante. Los compuestos fenólicos solubles del mutante mostraron una mayor actividad de captura de radicales FRAP, ABTS, DPPH y radicales hidroxilo que en el WT. El análisis de correlación mostró una relación positiva entre la capacidad antioxidante y los compuestos fenólicos en el mutante. Conclusiones: Los metabolitos asociados con la variación del color de las hojas en el mutante de hoja amarilla demostraron una alta capacidad antioxidante, particularmente en la captura de radicales hidroxilo.