Las moscas de la familia Drosophilidae son organismos modelo para estudios biológicos y a menudo se sugieren como bioindicadores de la calidad ambiental. El Bosque de Araucaria, una de las fitofisonomías del Bosque Atlántico, presenta una distribución altamente fragmentada debido a la expansión de la agricultura y la urbanización. Por lo tanto, este trabajo tuvo como objetivo evaluar y comparar los ensambles de drosófilas de dos fragmentos de Bosque de Araucaria de tierras altas, uno una unidad de conservación (PMA – Parque Municipal das Araucárias) y el otro una propiedad privada sin ninguna política de conservación (FBL – Fazenda Brandalise), en el espacio y el tiempo, utilizando la abundancia y riqueza de especies, los índices ecológicos y la proporción de especies neotropicales y exóticas como parámetros para establecer el nivel de calidad ambiental de estos fragmentos. Nuestros resultados mostraron que la diversidad observada en el PMA (H’ = 2,221) fue aproximadamente un 40 % mayor que en la FBL (H’ = 1,592). Esto podría deberse a una mayor calidad de conservación y diversidad de hábitat en el PMA, lo que indica la importancia de las unidades de conservación. Sin embargo, la riqueza fue similar en estas áreas, siendo el PMA (Dmg = 6.602) solo un 8% mayor que el FBL (Dmg = 6.128), lo que sugiere que la mayor distancia de los límites urbanos y el mayor tamaño del área boscosa del FBL podrían estar compensando la mayor perturbación causada por la explotación extractiva antrófica de este fragmento. Esto indica que, además de la calidad de la conservación, el tamaño y/o la conexión con otros fragmentos deben considerarse para las áreas destinadas a la conservación de la biodiversidad. En general, ambas áreas presentaron conjuntos de drosófilas similares, y la notable abundancia tanto de especies neotropicales (principalmente del subgrupo willistoni) como de la especie exótica D. kikkawai sugiere que estas áreas se encuentran en etapas intermedias de conservación.