Cerrando la Brecha: Combinando Enfoques de Genómica y Transcriptómica para Entender, una Leguminosa Huérfana de la Caatinga Brasileña
Autores: Ferreira-Neto, José Ribamar Costa; da Silva, Manassés Daniel; Binneck, Eliseu; de Melo, Natoniel Franklin; da Silva, Rahisa Helena; de Melo, Ana Luiza Trajano Mangueira; Pandolfi, Valesca; Bustamante, Fernanda de Oliveira; Brasileiro-Vidal, Ana Christina; Benko-Iseppon, Ana Maria
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Cerrando la Brecha: Combinando Enfoques de Genómica y Transcriptómica para Entender, una Leguminosa Huérfana de la Caatinga Brasileña
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Legumbre
Tolerancia al estrés
Proteínas de resistencia
Terpenos
Familias de genes
Codificación de acuaporinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
es una legumbre científicamente huérfana que se encuentra en el bioma de la Caatinga brasileña (un ambiente semiárido). Este trabajo utilizó enfoques ómicos para investigar algunos aspectos ecofisiológicos de la tolerancia/resistencia al estrés en , estudiar su paisaje genómico y predecir posibles vías metabólicas. Considerando su proteoma conceptual de alta confianza, 1694 (~2.6%) proteínas se asociaron con proteínas de resistencia, algunas de las cuales se encontraron en regiones QTL de soja que confieren resistencia al óxido asiático de la soja. también se encontró que es una fuente potencial de terpenos, ya que se identificaron grupos de genes biosintéticos asociados con la biosíntesis de terpenos en su genoma. El análisis reveló que los elementos móviles comprendían aproximadamente el 59% del genoma secuenciado. En el 41% restante de las secciones, algunas de las 22,681 familias de genes codificadores de proteínas se categorizaron en dos grupos informativos: aquellos que eran específicos de y aquellos que se expandieron significativamente en comparación con su ancestro inmediato. Los análisis de enriquecimiento de procesos biológicos indicaron que estas familias de genes desempeñan roles fundamentales en la adaptación a entornos extremos. Además, el análisis filogenómico indicó una estrecha relación evolutiva entre los géneros y . Finalmente, este estudio encontró un alto número (57) de loci que codifican aquaporinas en el genoma. Los datos de RNA-Seq y qPCR sugirieron que la subfamilia PIP puede desempeñar un papel clave en la adaptación de la especie a condiciones de déficit hídrico. En general, estos resultados proporcionan valiosos conocimientos sobre la biología y una gran cantidad de información sobre genes/transcritos para futuros estudios ómicos de legumbres.
Descripción
es una legumbre científicamente huérfana que se encuentra en el bioma de la Caatinga brasileña (un ambiente semiárido). Este trabajo utilizó enfoques ómicos para investigar algunos aspectos ecofisiológicos de la tolerancia/resistencia al estrés en , estudiar su paisaje genómico y predecir posibles vías metabólicas. Considerando su proteoma conceptual de alta confianza, 1694 (~2.6%) proteínas se asociaron con proteínas de resistencia, algunas de las cuales se encontraron en regiones QTL de soja que confieren resistencia al óxido asiático de la soja. también se encontró que es una fuente potencial de terpenos, ya que se identificaron grupos de genes biosintéticos asociados con la biosíntesis de terpenos en su genoma. El análisis reveló que los elementos móviles comprendían aproximadamente el 59% del genoma secuenciado. En el 41% restante de las secciones, algunas de las 22,681 familias de genes codificadores de proteínas se categorizaron en dos grupos informativos: aquellos que eran específicos de y aquellos que se expandieron significativamente en comparación con su ancestro inmediato. Los análisis de enriquecimiento de procesos biológicos indicaron que estas familias de genes desempeñan roles fundamentales en la adaptación a entornos extremos. Además, el análisis filogenómico indicó una estrecha relación evolutiva entre los géneros y . Finalmente, este estudio encontró un alto número (57) de loci que codifican aquaporinas en el genoma. Los datos de RNA-Seq y qPCR sugirieron que la subfamilia PIP puede desempeñar un papel clave en la adaptación de la especie a condiciones de déficit hídrico. En general, estos resultados proporcionan valiosos conocimientos sobre la biología y una gran cantidad de información sobre genes/transcritos para futuros estudios ómicos de legumbres.