La variación en el color del pelaje entre los équidos ha atraído un interés significativo en la investigación genética y de cría. La gama de colores está determinada principalmente por el tipo, la concentración y la distribución de los pigmentos de melanina, siendo el equilibrio entre eumelanina y feomelanina influenciado por numerosos factores genéticos. Los avances en tecnologías genómicas y de secuenciación han permitido la identificación de varios genes candidatos que influyen en el color del pelaje, aclarando así la base genética de estos diversos fenotipos. En esta revisión, categorizamos de manera concisa la coloración del pelaje en caballos y burros, centrándonos en la biosíntesis y los tipos de melanina involucrados en la pigmentación. Además, destacamos los roles regulatorios de algunos genes candidatos clave en la variación del color del pelaje. Asimismo, la revisión explora cómo el color del pelaje se relaciona con la cría selectiva y enfermedades equinas específicas, ofreciendo valiosos conocimientos para desarrollar estrategias de cría que mejoren tanto los aspectos estéticos como de salud de las especies equinas.