Estudiar las características del color de los cascos de los mamíferos es importante para las mejoras genéticas en los animales. Un color de casco negro más profundo es el estándar para la cría de ovejas Australian White (AUW) de raza pura y este fenotipo podría usarse como un marcador fenotípico de animales de raza pura. Realizamos un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) utilizando datos de secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción (RAD-seq) de 577 ovejas Australian White (color de casco negro = 283, color de casco gris = 106, color de casco ámbar = 186) y realizamos un análisis de asociación utilizando el modelo lineal mixto en EMMAX. Los resultados del GWAS demostraron que un polimorfismo de un solo nucleótido específico (SNP; g. 33097911G>A) en el intrón 14 del gen del factor de transcripción asociado a microftalmia estaba significativamente asociado con el color del casco en las ovejas AUW. El gen juega un papel clave en el desarrollo, diferenciación y regulación funcional de los melanocitos. Además, la asociación entre este locus y el color del casco fue validada en una cohorte de 212 individuos (color de casco negro = 122, color de casco gris = 38, color de casco ámbar = 52). Los resultados indicaron que el color del casco de las ovejas AUW con genotipos GG, AG y AA tendía a ser negro, gris y ámbar, respectivamente. Este estudio proporcionó nuevas perspectivas sobre la genética del color del casco en las ovejas AUW, mejorando nuestra comprensión de los mecanismos genéticos subyacentes a la diversa gama de colores de casco. Nuestros resultados coinciden con estudios previos y proporcionan marcadores moleculares para la selección asistida por marcadores para el color del casco en las ovejas.