Este estudio tuvo como objetivo investigar las consecuencias del trasplante de microbiota en la vida temprana utilizando diferentes fuentes de contenido cecal en pollitos de engorde. Hipotetizamos que los pollitos que recibieron microbiota al nacer de gallinas orgánicas tendrían una microbiota distinta a la de los pollitos que recibieron microbiota de pollos de engorde criados en la industria después de seis semanas de edad. Trescientos huevos de pollos Cobb fueron asignados aleatoriamente a uno de cuatro grupos según el contenido cecal recibido: gallinas ponedoras orgánicas (Orgánico); contenido cecal autoclave de gallinas ponedoras orgánicas (Autoclave); pollos de engorde cultivados convencionalmente (Convencional); y solución salina estéril (Control). El trasplante de microbiota cecal se realizó por gavage en el día 1. Diez aves por grupo fueron sacrificadas en los días 2, 7, 14, 28 y 42. Las amígdalas cecales y los contenidos fueron recolectados para análisis de citoquinas y microbiota. La microbiota de los pollitos que recibieron inoculos vivos se asemejó a la microbiota de los donantes desde el día siete hasta el día 42. La composición de la microbiota de las gallinas que recibieron el inoculo Orgánico se mantuvo marcadamente diferente. A partir del día 7, el grupo Orgánico tuvo una mayor riqueza. Los índices de Simpson y Shannon fueron más altos en el grupo Convencional en los días 2 y 7. Las gallinas del grupo Convencional presentaron una mayor producción de IL-1beta e IL-6 en plasma en los días 2 y 28, un aumento en la expresión de IL-6 en las amígdalas cecales en los días 7 y 42, y un aumento en la expresión de IL-12 en el día 7. Sin embargo, el grupo Convencional fue infectado con spp., lo que probablemente causó inflamación. En conclusión, el trasplante de microbiota utilizando diferentes perfiles de microbiota colonizó persistentemente a los pollitos de engorde recién nacidos. Se necesitan estudios futuros que evalúen la importancia de la composición de la microbiota durante infecciones con enteropatógenos comunes. Este estudio también destaca la necesidad de un protocolo de cribado estricto para patógenos en el contenido intestinal de los donantes.