El uso de una ileostomía en asa como el procedimiento de desfuncionalización de elección para proteger una anastomosis colónica distal causa cambios histológicos y endoscópicos en la arquitectura de la mucosa intestinal, que se han relacionado con inflamación crónica y cambios en la microflora que, en consecuencia, impactan la estructura y función intestinal tras la desviación del flujo fecal. El objetivo de este estudio fue evaluar los cambios histológicos y endoscópicos en la mucosa colónica en pacientes con colitis por desviación después de la estimulación del asa eferente con probióticos antes del cierre de la ileostomía protectora. Se diseñó un estudio prospectivo, aleatorizado, doble ciego y controlado. Se incluyeron todos los pacientes que se sometieron a cirugía por carcinoma colorrectal con ileostomía protectora entre enero de 2017 y diciembre de 2018. Estos pacientes estaban pendientes de cirugía reconstructiva y fueron diagnosticados con colitis por desviación endoscópica e histológica. Se dividieron en dos grupos, un grupo estimulado con probióticos (SG) y un grupo de control (CG). Se incluyeron 34 casos y 35 controles en el estudio. Se evaluaron los cambios histológicos y endoscópicos después de la estimulación, después de la cirugía restaurativa y durante el seguimiento a corto plazo tras la cirugía. Se observó una disminución en los hallazgos patológicos endoscópicos (fragilidad mucosa, erosiones mucosas, pólipos, edema, eritema y estenosis) y en los hallazgos histológicos (hiperplasia folicular, eosinófilos, abscesos crípticos, infiltración de linfocitos, infiltración de células plasmáticas y distorsión de la arquitectura) en el SG. Estos resultados fueron estadísticamente significativos con un p < 0.001. La estimulación del asa eferente de la ileostomía en pacientes con colitis por desviación produjo una disminución de la gravedad endoscópica e histológica de la colitis a corto plazo.