Nuevos modelos y avances tecnológicos están impulsando la transformación digital de los sistemas de salud. Las ontologías y la Web Semántica han sido reconocidas como unas de las soluciones más valiosas para gestionar los datos masivos, diversos y complejos de la salud que provienen de diferentes fuentes, actuando así como pilares para los Sistemas de Apoyo a la Toma de Decisiones (DSS) basados en ontologías. Varios aportes en la literatura proponen metodologías de ingeniería de ontologías (OEMs) para asistir en la formalización y desarrollo de ontologías, proporcionando pautas sobre tareas, actividades y participación de los interesados. Sin embargo, las OEMs existentes difieren ampliamente según su enfoque y a menudo carecen de detalles suficientes para apoyar a los ingenieros de ontologías. Este artículo realiza una meta-revisión de los principales criterios adoptados para evaluar las OEMs, y de los principales problemas y deficiencias identificados en las metodologías existentes. Luego se exploran en tres casos de uso de DSS basados en semántica en campos relacionados con la salud los problemas clave que requieren atención específica (es decir, la entrega de un estudio de viabilidad, la introducción de procesos de gestión de proyectos, el soporte para la reutilización y la participación de los interesados). Los resultados contribuyen a la literatura sobre OEMs al proporcionar ideas sobre herramientas y enfoques específicos que se deben utilizar al abordar estos problemas en el desarrollo de OEMs colaborativas que respalden a los DSS.