Análisis de Coexpresión Génica en Humanos Revela Redes Funcionales Asociadas con la Replicación del ADN, la Respuesta al Daño del ADN y la Regulación del Ciclo Celular
Autores: Marsili, Stefania; Tichon, Ailone; Kundnani, Deepali; Storici, Francesca
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Análisis de Coexpresión Génica en Humanos Revela Redes Funcionales Asociadas con la Replicación del ADN, la Respuesta al Daño del ADN y la Regulación del Ciclo Celular
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Ribonucleasa
H2
Replicación del ADN
Células cancerosas
Bioinformática
Ciclo celular
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 22
Citaciones: Sin citaciones
La ribonucleasa (RNasa) H2 es una enzima clave para la eliminación de ARN encontrado en híbridos de ADN-ARN, desempeñando un papel fundamental en procesos biológicos como la replicación del ADN, el mantenimiento de los telómeros y la reparación del daño en el ADN. La RNasa H2 es un trímero compuesto por tres subunidades, siendo la subunidad catalítica. Se ha demostrado que los niveles de expresión están regulados al alza en células transformadas y cancerosas. En este estudio, utilizamos un enfoque bioinformático para identificar genes coexpresados en diferentes tejidos humanos para subrayar los procesos biológicos asociados con la expresión. Nuestro análisis muestra redes funcionales para la participación en procesos como la replicación del ADN y la respuesta al daño en el ADN, así como una nueva red funcional putativa de regulación del ciclo celular. Una investigación bioinformática adicional mostró un aumento en la expresión génica en diferentes tipos de células y tejidos en ciclo activo, particularmente en varios cánceres, apoyando un papel biológico para esta subunidad, pero no para las otras dos subunidades de la RNasa H2 en la proliferación celular. El análisis de espectrometría de masas de proteínas unidas identificó componentes que funcionan en la regulación del ciclo celular. Un análisis bioinformático adicional mostró que se correlaciona con la progresión del cáncer y genes relacionados con el ciclo celular en la Enciclopedia de Líneas Celulares de Cáncer (CCLE) y los conjuntos de datos de Pan Cáncer del Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA), y respaldó nuestros hallazgos de espectrometría de masas.
Descripción
La ribonucleasa (RNasa) H2 es una enzima clave para la eliminación de ARN encontrado en híbridos de ADN-ARN, desempeñando un papel fundamental en procesos biológicos como la replicación del ADN, el mantenimiento de los telómeros y la reparación del daño en el ADN. La RNasa H2 es un trímero compuesto por tres subunidades, siendo la subunidad catalítica. Se ha demostrado que los niveles de expresión están regulados al alza en células transformadas y cancerosas. En este estudio, utilizamos un enfoque bioinformático para identificar genes coexpresados en diferentes tejidos humanos para subrayar los procesos biológicos asociados con la expresión. Nuestro análisis muestra redes funcionales para la participación en procesos como la replicación del ADN y la respuesta al daño en el ADN, así como una nueva red funcional putativa de regulación del ciclo celular. Una investigación bioinformática adicional mostró un aumento en la expresión génica en diferentes tipos de células y tejidos en ciclo activo, particularmente en varios cánceres, apoyando un papel biológico para esta subunidad, pero no para las otras dos subunidades de la RNasa H2 en la proliferación celular. El análisis de espectrometría de masas de proteínas unidas identificó componentes que funcionan en la regulación del ciclo celular. Un análisis bioinformático adicional mostró que se correlaciona con la progresión del cáncer y genes relacionados con el ciclo celular en la Enciclopedia de Líneas Celulares de Cáncer (CCLE) y los conjuntos de datos de Pan Cáncer del Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA), y respaldó nuestros hallazgos de espectrometría de masas.