Se investigó la influencia de la temperatura y los nutrientes en la coexistencia de Cylindrospermopsis raciborskii y Microcystis panniformis en el embalse de Mundaú. Se recogieron muestras cada dos meses, desde septiembre de 2008 hasta marzo de 2009, con una botella Van Dorn a dos profundidades (superficie y fondo) (n = 16). La temperatura del agua fue superior a 22,50 °C; los valores de pH oscilaron entre 6,09 y 8,42; y las relaciones nitrógeno-fósforo fueron bajas (0,11-1,46). Las bajas relaciones N:P indicaban un alto aporte de fósforo y una condición eutrófica a hipereutrófica en el embalse. Se observó una correlación positiva significativa entre la distribución espacial y temporal de C. raciborskii y M. panniformis. Los resultados del análisis de correlación canónica (CCA) revelaron una asociación significativa entre la biomasa de la mayoría de las especies de cianobacterias y la temperatura y la concentración de nutrientes. Sin embargo, estos factores no explicaban la coexistencia de C. raciborskii y M. panniformis. Por otro lado, las adaptaciones morfológicas y fisiológicas, como la posesión de aerotopos y la producción de mucílago, y la cooperación entre las dos especies permitieron la superposición de nichos y, en consecuencia, la coexistencia de C. raciborskii y M. panniformis en el embalse de Mundaú.