Los avances tecnológicos y analíticos para estudiar la biología evolutiva, la ecología y la conservación de la tortuga de río del sur (ssp.) se realizan a través de enfoques moleculares, incluyendo el código de barras de ADN. Evaluamos el uso de códigos de barras de ADN del COI en la población de tortugas de río del sur de Malasia para comprender mejor la divergencia genética de la especie y otras características genéticas. Evaluamos 26 secuencias, incluyendo cuatro de especímenes de campo de tortugas de río del sur obtenidos en Bota Kanan, Perak, Malasia, y Kuala Berang, Terengganu, Malasia, así como 22 secuencias de tortugas de todo el mundo previamente incluidas en el Sistema de Base de Datos del Código de Barras de la Vida (BOLD) y GenBank. Las especies se dividen en tres familias: ocho especies de Geoemydidae (18%), tres especies de Emydidae (6%) y una especie de Pelomedusidae (2%). La Lista Roja de la UICN asignó las 12 especies de tortugas muestreadas para este estudio a las clasificaciones de en peligro crítico (CR) para el 25% de las muestras y en peligro (EN) para el 8% de las muestras. Con nuevos haplotipos de las tortugas del mundo, se encontraron 16 haplotipos. Los valores de distancia intraespecífica entre las secuencias del gen COI se calcularon utilizando el modelo K2P, que indicó una posible especie críptica entre la tortuga de río del norte () y la tortuga de río del sur (). El análisis bayesiano del árbol filogenético también mostró ambas especies en la misma línea. La búsqueda BLASTn resultó en un 100% de la misma especie de como . La alineación de Jalview visualizó secuencias casi idénticas entre ambas especies. La tortuga de río del sur () de la costa oeste de Malasia Peninsular se encontró que comparte el mismo haplotipo (Hap_1) que la tortuga de río del norte de India. Sin embargo, de la costa este de Malasia Peninsular se formó Hap_16. El análisis del COI encontró nuevos haplotipos y mostró que los códigos de barras de ADN son una excelente manera de medir la diversidad de una población.