Aunque el CO elevado (eCO) en la atmósfera es uno de los principales factores que influyen en la estabilidad del clima y del ecosistema, se ha realizado menos investigación sobre el eCO en sistemas de suelo de invernadero, a pesar de su prevalencia. Nuestros resultados indicaron que el eCO aumentó significativamente la biomasa microbiana ( < 0.05). La comunidad fúngica fue más susceptible al eCO que la comunidad bacteriana; los índices de diversidad alfa fúngica disminuyeron significativamente bajo eCO ( < 0.05) y la abundancia de Ascomycota y sus taxones de nivel inferior también aumentaron significativamente ( < 0.01). La abundancia absoluta de numerosos genes relacionados con el ciclo de C, N, P, S y metano aumentó significativamente ( < 0.05) bajo eCO. Por lo tanto, la estructura y función de la comunidad microbiana estaban correlacionadas con ciertas características de las plantas medidas. Por lo tanto, el ecosistema microbiano del sistema de suelo de invernadero de tomate fue estimulado bajo eCO. Estos resultados contribuyen a una mayor comprensión de cómo el eCO en la atmósfera afecta a la estabilidad del ecosistema terrestre.