Los coronavirus (CoVs) infectan una amplia gama de huéspedes, incluidos humanos, animales domésticos y vida silvestre, causando típicamente enfermedades respiratorias o entéricas de leves a graves. El objetivo principal de este estudio fue identificar los géneros y subgéneros de CoV detectados en alpacas peruanas. Se recolectaron muestras de lavado pulmonar de 32 animales de 1 a 6 semanas de edad. Se identificaron CoVs utilizando RT-PCR para amplificar una región conservada de pan-CoV del gen que codifica la ARN polimerasa dependiente de ARN. Se realizó una PCR anidada para identificar CoVs. Luego, las muestras positivas para CoV fueron sometidas a RT-PCR utilizando cebadores específicos para identificar el subgénero. De las 32 muestras analizadas, 30 (93.8%) dieron positivo para al menos un género de CoV. Se identificaron CoVs -, -, o no clasificados en 24 (80%), 1 (3.3%) y 1 (3.3%) de las muestras positivas, respectivamente. No se pudo identificar un género de CoV en dos (6.7%) muestras. Se detectó una mezcla de diferentes géneros de CoV en dos (6.7%) muestras: una estaba coinfectada con CoVs - y -, y la otra contenía un CoV beta y un CoV no clasificado. Un análisis de secuencia de los amplicones generados por la PCR identificó 17 cepas de CoV - pertenecientes al subgénero y dos cepas de CoV - pertenecientes a . Un análisis filogenético de dos cepas reveló una relación con una cepa de BatCoV no clasificada. No se pudo identificar un subgénero en nueve muestras de CoV -. Nuestros datos muestran una alta prevalencia y una alta diversidad genética de géneros y subgéneros de CoV que infectan alpacas, en las que predominó el subgénero de CoV -. Nuestros datos también sugieren un nuevo papel para los murciélagos en la diseminación y transmisión de CoVs poco comunes a las alpacas criadas en áreas rurales de Perú.