La microbiota de las raíces contribuye a la defensa de la planta contra el estrés y los patógenos. Sin embargo, el patrón de co-asociación de las bacterias funcionales que mejora la resistencia de la planta no se ha interpretado claramente. Utilizando la tecnología de secuenciación de alto rendimiento Illumina, se analizaron los perfiles de la comunidad bacteriana de las raíces de seis cultivares de pepino con diferente resistencia en respuesta al agente causante de la marchitez del pepino (CFW), f. sp. (). El análisis de coordenadas principales indicó que las interacciones de los cultivares y los patógenos impulsaron las comunidades bacterianas de las raíces de pepino ( = 0.001). Se identificaron los géneros diferenciales específicos de resistencia entre los cultivares, incluyendo en los cultivares resistentes, Enterobacteriaceae no clasificada en CL11 y JY409, en JY409, en ZN106 moderadamente resistente, y Rhizobiaceae no clasificada en ZN6 susceptible. La bacteria predominante de las raíces representó una abundancia relativa de hasta 28.08-61.55%, pero disminuyó drásticamente al 9.36% en ZN6 susceptible inoculado. ASV103 y ASV48 de Pseudomonadaceae y ASV162 de Enterobacteriaceae fueron consistentemente diferenciales entre los cultivares a los niveles de filo, género y ASV. Utilizando el método basado en cultivo, se aislaron cepas antagonistas de Enterobacteriaceae con una alta proporción del 51%. Además, los complejos bacterianos de E318 + Ps213 y spp. C1 + C7 redujeron el índice de enfermedad de CFW en un 77.2% y un 60.0% en el experimento en macetas, respectivamente. Este estudio revela la co-asociación de bacterias específicas de las raíces con plantas huésped y proporciona información sobre el mecanismo de supresión de los cultivares resistentes contra la enfermedad CFW al regular la microbiota de las raíces.